Algumas bactérias associadas a raízes de leguminosas realizam o processo bioquímico de fixação biológica de nitrogênio, que resulta na produção de açúcares, os quais são cedidos diretamente à planta.

Certos fungos do solo se associam a raízes de plantas, formando micorrizas, cuja relação é normalmente benéfica a ambos (mutualismo).

Os líquens são resultantes da associação do tipo amensalismo entre certos fungos e bactérias, e são capazes de transformar nitrogênio (N2) em amônia (NH3) e enriquecer o solo.

Rizóbio é o nome genérico para bactérias que normalmente parasitam raízes das plantas, reduzindo seu crescimento em função da grande demanda por açúcares do hospedeiro.