O Brasil apresenta dois grandes hotspots (termo usado para designar lugares que, além de apresentarem alto grau de diversidade biológica e endemismo, devem ser protegidos, pois estão ameaçados pela atividade humana): O Pantanal Mato-grossense e o Cerrado, ambos localizados na região centro-Oeste do Brasil.

As principais atividades que ameaçam o Pantanal Mato-Grossense são a expansão da cultura de soja e a extração de carvão mineral.

Apesar de reconhecido como patrimônio natural da humanidade pela Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura (UNESCO), o bioma tem sido destruído pela produção de carvão vegetal e pela expansão das pastagens.

O território que compreende o Pantanal Mato-Grossense é considerado a maior planície de inundação do planeta, englobando o sudoeste do Mato Grosso, o oeste do Mato Grosso do Sul, e parte do Paraguai, Bolívia e Argentina.

O Pantanal é formado por uma planície e está situado na Bacia Hidrográfica do Alto Uruguai. Recebe uma grande influência do rio Uruguai e seus afluentes, que alagam a região formando extensas áreas alagadiças (pântanos) e favorecendo a existência de uma rica biodiversidade. A época de chuvas e cheias dos rios ocorre durante os meses de novembro a abril.