Podem ocorrer reações cruzadas com soros de pacientes portadores de leishmaniose, infecção pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) e doenças autoimunes.

Para o diagnóstico sorológico, devem ser realizados três testes para pesquisa de anticorpos anti-T.cruzi séricos, com princípios diferentes, sendo necessário, pelo menos, dois testes reagentes para definir um resultado positivo.

No diagnóstico da infecção congênita, é recomendada a realização da pesquisa de anticorpos anti-T.cruzi séricos das classes IgG e IgM em amostra de soro do recém-nascido, sendo importante confirmar o diagnóstico sorológico da mãe.

A reativação da Doença de Chagas, que ocorre em situações de imunossupressão pode ser confirmada por meio dos testes sorológicos que evidenciam a elevação dos níveis séricos de anticorpos anti-T.cruzi.