É considerada tardia após 1 ano de evolução, e nessa fase as lesões de pele são altamente infectantes.

Na sífilis recente latente, o diagnóstico é definido pela presença de lesões de pele características.

O comprometimento do sistema nervoso central ocorre geralmente de 5 a 35 anos após a infecção, mas nos pacientes HIV-positivos pode ocorrer na vigência ou logo após o secundarismo.

Na sífilis secundária, o exantema surge de 4 a 8 semanas após o desaparecimento do cancro duro, é intensamente pruriginoso e se distribui por todo o corpo, poupando regiões palmares e plantares.