Toda a assistência farmacêutica realizada a partir da PNAF é mantida integralmente por financiamento público.

O financiamento é de responsabilidade dos três gestores do SUS, sendo que cada esfera participa de diferentes formas, conforme a pactuação com o Ministério da Saúde.

O custeio de medicamentos utilizados para o programa de DST/AIDS é realizado exclusivamente com recursos federais.

O custeio de hemoderivados e imunobiológicos é realizado exclusivamente com recursos federais.

Os recursos destinados a aquisição de insulina para o programa de diabetes melito são compostos pelo valor transferido pelo governo federal aos estados, aos municípios e ao DF e pela contrapartida dos estados e municípios, conforme valores pactuados para atender aos programas do Ministério da Saúde.