A pepsina cliva na mesma região da molécula de anticorpo que a papaína; porém, no lado carboxiterminal das ligações dissulfídicas.

O padrão exato dos fragmentos obtidos após a proteólise depende de onde a protease cliva a molécula do anticorpo em relação às pontes dissulfídicas que unem as duas cadeias leves.

A digestão limitada da papaína cliva as moléculas de anticorpos em dois fragmentos idênticos: Fab (Fragment Antigen-Binding) e outro que se cristaliza facilmente FC (Fragment Crystallizable).

A papaína cliva a molécula do anticorpo no lado amino-terminal das ligações dissulfídicas, desprendendo os dois braços do anticorpo como fragmento Fab separados; no fragmento FC, as metades carboxiterminais permanecem unidas.

O fragmento F(ab’)₂ tem exatamente a mesma característica de ligação ao antígeno que o anticorpo original, mas não interage com nenhuma molécula efetora e, consequentemente, tem um grande potencial em aplicações terapêuticas de anticorpos.