Deve-se priorizar o uso de espécies alóctones em vez do uso de espécies autóctones em programas de repovoamento, pois as espécies alóctones se adaptam melhor às águas represadas.

Não se deve, em programas de repovoamento, utilizar alevinos e juvenis produzidos em escala comercial e que seriam originalmente destinados à piscicultura realizada em escala industrial.

Historicamente, os programas de peixamento de reservatórios de usinas hidrelétricas nas regiões Sudeste e Sul foram mais bem-sucedidos que os realizados em açudes e reservatórios da região Nordeste, pois foram feitos com maior cuidado técnico e monitoramento periódico dos resultados obtidos.

Historicamente, os programas de repovoamento de peixes em reservatórios de usinas hidrelétricas no Brasil tiveram como foco a conservação da biodiversidade.

Os programas de repovoamento são alvo de acalorados debates entre pescadores, formuladores de políticas públicas, cientistas, ambientalistas e a sociedade em geral. Apesar de não se ter ainda chegado a um consenso sobre sua efetividade, esses programas de repovoamento continuam sendo praticados, pois se bem não fazem, também não provocam prejuízos ambientais.