As bactérias, os protozoários e os vírus têm papel fundamental nesta nova rota de energia nas teias tróficas aquáticas.

Os micro-organismos, antes tidos unicamente como decompositores da matéria orgânica, passaram a possuir uma importante função de transferência de energia e matéria nos ecossistemas aquáticos.

O carbono orgânico dissolvido, o nitrogênio e o fósforo são importantes limitantes ao crescimento bacteriano, caracterizando um controle “Bottom-Up”. Entre os mecanismos bióticos, destacam-se a predação e a infecção por vírus, ambos denominados como controle “Top-Down”.

As bactérias são um importante componente na cadeia alimentar planctônica, o que pode ter um grande impacto no funcionamento do ecossistema.