Entre as subsidiárias que compõem o chamado Sistema BNDES, inclui-se o BNDES Participações S.A. (BNDESPAR), cujos recursos são destinados ao financiamento de operações de compra e venda de máquinas e equipamentos produzidos no Brasil ou no exterior.

O Banco do Brasil, que desempenha um papel fundamental como agência de fomento ao desenvolvimento, é uma empresa pública, cujo maior controlador é, portanto, o governo.

Compete ao Conselho de Administração da Caixa Econômica Federal definir as diretrizes, os desafios e os objetivos corporativos, bem como monitorar e avaliar os resultados da Caixa.

Às agências de fomento estaduais é vedado prestar garantias, mesmo em operações compatíveis com seu objeto social.

Em sua atuação como instituição financeira, as agências de fomento podem captar recursos junto ao público e ter participação societária em outras instituições financeiras.