A microbiota do paciente hospitalizado por uma semana passa a ser constituída por bactérias comunitárias.

A infecção hospitalar é mais grave que a comunitária, não porque o paciente hospitalizado está em um estado geral de saúde mais grave que o paciente não hospitalizado, mas devido a maior patogenicidade dos microrganismos envolvidos.

O tempo para a troca da microbiota comunitária pela hospitalar ocorre de 12 a 24 horas após a entrada de um paciente no hospital até 24 horas após sua alta hospitalar.

A diferença entre a bactéria hospitalar e a comunitária ocorre no tocante à sua resistência aos antibióticos e à sua virulência.

As bactérias hospitalares possuem um perfil de resistência maior aos antimicrobianos, por serem submetidas a uma seleção ambiental pelo uso de antibióticos em ambiente hospitalar.