Algumas substâncias são alteradas ou destruídas por um intenso tratamento térmico, sendo contra indicado somente o método de esterilização por calor seco.

Alguns materiais não podem ser esterilizados por autoclavagem como, óleos e substâncias termossensíveis.

Os materiais contaminados podem ser esterilizados com segurança pela simples exposição à água em ebulição.

A esterilização de líquidos biológicos termossensíveis é feita por radiação ionizante.

A autoclave apresenta a desvantagem de não destruir os esporos bacterianos.