A etapa de microtomia consiste na obtenção de cortes os mais delgados possíveis, que possibilitem a sua observação aos microscópios de luz ou eletrônico.

Utiliza-se o micrótomo, um aparelho apropriado para a obtenção de cortes, cuja regulagem, medida em centímetro, (na microscopia de luz) ou em nanômetros (microscopia eletrônica – ultramicrótomo), que permite a obtenção do corte na espessura desejada.

Após a etapa de microtomia, os cortes serão coletados manualmente, sem o auxílio de lâminas de vidro, para a microscopia de luz ou em telas de cobre, para a microscopia eletrônica.

A microtomia é uma etapa inicial que precede a fixação para a obtenção das lâminas histológicas.

Os cortes do bloco impregnados em parafina não poderão ter menos de 03 ou mais de 07 micrômetros, pois a identificação na Microscopia eletrônica será prejudicada.