Será executado por meio de instrumentos avaliativos, como roteiros de verificação e questionários de pesquisa, estabelecidos pelo Departamento de Regulação, Avaliação e Controle de Sistemas (DRAC/SAS/MS), que avaliarão os estabelecimentos de atenção especializada em saúde, ambulatorial e hospitalar.

Será aplicado em períodos variáveis nos estabelecimentos de atenção especializada em saúde, ambulatorial, contemplados com recursos financeiros provenientes de programas, políticas e incentivos do Ministério da Saúde.

Os estabelecimentos de atenção básica em saúde a serem avaliados pelo PNASS serão indicados a partir de critérios estabelecidos pela Secretaria de Saúde.

As Secretarias de Saúde afirmarão o termo de cooperação com Instituições de Ensino Superior Estaduais para a aplicação dos instrumentos avaliativos do PNASS.