As separações por eletroforese são baseadas nas diferenças de velocidade, conforme as quais as espécies com carga migram em um campo elétrico.

A eletroforese capilar foi fundamental para o desenvolvimento de separações em um meio plano estabilizado, como em papel ou gel poroso semissólido.

Uma característica limitante da eletroforese é a baixa capacidade de separar moléculas de interesse bioquímico, como vitaminas, carboidratos e proteínas.

A eletroforese capilar é mais sensível, em termos de concentração, do que outros métodos de separação, mas são necessários volumes maiores de amostra na sua faixa de análise.

Os instrumentos de eletroforese capilar são complexos, haja vista o uso de capilar com diâmetro mínimo de 100 µm e o baixo potencial elétrico aplicado entre os eletrodos por meio de uma fonte de baixa tensão.