Permite classificar as bactérias de acordo com suas características morfológicas e tintoriais.

Serve para um diagnosticar alguns tipos de vírus, devido a parede celular do vírus, facilita sua visualização ou classificação através da coloração de Gram.

A coloração de Gram diferencia as bactérias com base nas características de suas paredes celulares.

As bactérias Gram-positivas possuem uma parede espessa de peptidoglicano e grandes quantidades de ácido teicoico, os quais retêm o corante inicial (cristal violeta), não sendo afetado pelo passo de descoloração com álcool absoluto (ou álcool acetona). Dessa forma, as células apresentam ao final da coloração uma cor azul/roxa.

As Gram-negativas, por sua vez, possuem uma parede celular constituída de uma camada fina de peptidoglicano, que permite a descoloração do cristal violeta com o álcool absoluto (ou álcool acetona), e posterior coloração com o corante de fundo, a fucsina. Ao final do processo, as bactérias Gram-negativas apresentam cor rosa/vermelha