Nas hipóteses de grave violação de direitos humanos, o Procurador-Geral da República, com a finalidade de assegurar o cumprimento de obrigações decorrentes de tratados internacionais de direitos humanos dos quais o Brasil seja parte, poderá suscitar, perante o Superior Tribunal de Justiça, em qualquer fase do inquérito ou processo, incidente de deslocamento de competência para a Justiça Federal. Nesses casos, a competência será do respectivo Tribunal Regional Federal.

Compete aos juizes federais processar e julgar as causas em que a União, entidade autárquica ou empresa pública federal forem interessadas na condição de autoras, rés, assistentes ou oponentes, ressalvadas apenas às de falência, as de acidentes de trabalho e as sujeitas à Justiça Eleitoral.

Compete aos Tribunais Regionais Federais julgar, em recurso ordinário, as causas em que forem partes Estado estrangeiro ou organismo internacional, de um lado, e, do outro, Município ou pessoa residente ou domiciliada no País.

É da competência da Justiça Federal processar e julgar os delitos de greve e crimes contra a organização do trabalho (arts. 197 a 207 do CP), que causem prejuízo à ordem pública, econômica ou social e ao trabalho coletivo.

A Justiça do Trabaího é competente para processar e julgar as ações de indenização por danos morais e patrimoniais decorrentes de acidente de trabalho propostas por empregado contra empregador, inclusive aquelas que já possuíam sentença de mérito em primeiro grau proferida pela Justiça Estadual quando da promulgação da Emenda Constitucional n° 45/04.