A artrite periférica se instala em trinta a quarenta por cento dos pacientes com Dii, é mais comum na retocolite ulcerativa (RCU) e piora com as exarcebações da atividade intestinal.

A uveíte está associada tanto à RCU quanto à colite de Crohn, pode ser encontrada durante os períodos de remissão e manifestar-se nos pacientes após ressecção intestinal.

A colangite esclerosante primária (distúrbio caracterizado por inflamação dos tanto intra-hepáticos quanto extra-hepáticos levando com frequência ao desenvolvimento de cirrose biliar e insuficiência hepática) ocorre com maior frequência em portadores da doença de Crohn (DC).

A frequência mais alta de nefrolitíase (10 a 20%) ocorre nos pacientes com RCU submetidos a colectomia total.

A amiloidose secundária ou reativa pode ocorrer nos enfermos com Dii de longa duração, com incidências semelhantes em portadores de DC e RCU.