A antissepsia intraoral pode reduzir significativamente o número de microrganismos presentes na cavidade bucal, diminuindo o potencial de contaminação por meio do aerossol produzido no atendimento.

O PVPI pode ser usado na antissepsia dos profissionais e no preparo pré-operatório dos pacientes, mas, apesar da sua eficiência, não é considerado seguro, pois frequentemente provoca reações alérgicas.

A desinfecção intrabucal com hipoclorito é indicada nas intervenções cirúrgicas, evitando que os microrganismos patogênicos cheguem à corrente sanguínea e provoquem infecções mais graves.

O digluconato clorexidina é utilizado na assepsia extrabucal, nas concentrações de 0,2% a 1,0% para preparação cirúrgica da face dos pacientes, além da aplicação intrabucal na concentração de 2,0%.

O glutaraldeído é um dos antissépticos mais empregados na odontologia atualmente, sendo capaz de eliminar os patógenos sensíveis e prevenir a recolonização por cepas resistentes em até 24 horas.