Rondônia comporta sete bacias hidrográficas. A mais representativa e que causa maior preocupação é aquela formada a partir da confluência dos rios Mamoré e Beni, em razão das modificações de sua dinâmica hidrológica decorrente da instalação das hidrelétricas de Santo Antônio e Jirau. Trata-se da bacia do rio: