Iniciam-se a partir do sexto ano após a infecção, podendo durar vários anos, com sinais de progressão da doença para diversos órgãos.

As manifestações clínicas variam de acordo com a localização, independentemente da carga parasitária e da capacidade de resposta do indivíduo.

Podem atingir graus extremos de severidade, como hipertensão pulmonar devido à cardiopatia e cirrose hepática que ocasione ascite, hipertensão portal e ruptura de varizes do esôfago.

Considerando-se que a esquistossomose seja considerada uma doença granulomatosa, ela poderá aparecer, com menos frequência, nos órgãos genitais femininos, nos testículos, na pele, na retina, na tireoide e no coração.

O curso da esquistossomose independe da existência de outras doenças.