A prisão em flagrante de militar somente poderá ser realizada por outro militar de posto ou graduação igual ou superior ao posto ou à graduação do preso.

Desde que haja, entre outros requisitos, prova do fato delituoso e indícios suficientes de autoria, a prisão preventiva pode ser decretada, em qualquer fase da persecução penal, pelo auditor ou pelo Conselho de Justiça, de ofício, a requerimento do MP ou por representação da autoridade encarregada do inquérito policial-militar.

De acordo com o CPPM, a autoridade militar encarregada de lavrar e presidir o auto de prisão em flagrante somente poderá conceder fiança aos acusados da prática de crimes para os quais a máxima pena privativa de liberdade não seja superior a quatro anos.

O juiz auditor somente poderá conceder liberdade provisória mediante fiança aos acusados de crimes patrimoniais e delitos dos quais decorra proveito econômico para o agente, admitindo-se a cumulação com medidas cautelares diversa da prisão. Uma vez concedida a liberdade provisória, o agente deve comprometer-se, por meio de termo, a comparecer a todos os atos do processo, sob pena de revogação da concessão.

De acordo com preceito expresso no CPPM, não será imposta prisão em flagrante aos agentes que pratiquem crimes que possam ser considerados, pelo juiz, infração disciplinar.