P. aeruginosa com fenótipo mucoide é comumente isolada de amostras de trato respiratório desses pacientes e é de difícil erradicação, pois é frequentemente resistente a muitos antibióticos.

A colonização do trato respiratório desses pacientes pelo complexo Burkholderia cepacia tem um prognóstico ruim e constitui contraindicação para realização de transplante pulmonar.

Para os pacientes que apresentam dificuldades de expectoração espontânea, a cultura de swab de orofaringe pode ser o método de escolha, mas esse não deve conter saliva para ser considerado adequado.

Além de Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa e complexo Burkholderia cepacia, que são os microrganismos mais frequentemente isolados nas culturas, também podem ser encontrados Stenotrophomonas maltophilia e outros bacilos Gram-negativos não fermentadores.

Para a semeadura das amostras, é indicado o uso de meios de cultura como ACHO, BCSA, MAC e Manitol.