O registro contábil das operações do Poder Judiciário é feito por sistema próprio de processamento da execução orçamentária, portanto, não se inclui no SIAFI.

Os recursos financeiros do governo federal são disponibilizados aos diversos órgãos em contas-correntes individuais e segregadas, constituídas para esse fim no Banco do Brasil.

De acordo com o SIAFI, um órgão é sempre subordinado a uma unidade gestora, que é a unidade investida do poder de gerir créditos orçamentários e recursos financeiros.

A falta de padronização dos procedimentos orçamentários no Brasil faz que a emissão de empenho, de ordem bancária ou de um documento de arrecadação de receitas federais gere documentos distintos em relação à formalização e execução dos estágios da receita e da despesa.

De acordo com os conceitos do SIAFI, unidade administrativa é entendida como a unidade que depende da descentralização de créditos de uma unidade orçamentária.