Com a chegada dos portugueses ao Brasil, os indígenas foram pressionados e logo abandonaram sua religião, considerada primitiva pelos europeus. Isso surtiu um efeito positivo para a colonização, pois os indígenas passaram a considerar a coroa portuguesa como salvadora de suas almas.

Para combater o que consideravam como ―crimes contra as verdades da fé cristã‖, os portugueses enviaram para o Brasil representantes do Tribunal da Inquisição. Estes tinham autorização para realizar investigação contra suspeitos de crimes contra a fé.

Apesar de exercerem forte influência na catequese indígena, os missionários católicos não se contrapunham às políticas da coroa portuguesa no que diz respeito à escravidão indígena.

Os portugueses tiveram êxito na colonização da América Portuguesa por respeitarem e propagarem a liberdade religiosa. Assim, indígenas e negros africanos poderiam cultuar seus deuses livremente, contanto que não o fizessem em praça pública.