A auditoria no SUS é prerrogativa de órgãos de controle externos ao Sistema, como forma de salvaguardar a veracidade das informações obtidas por meio da verificação da base de dados que formam o seu Sistema de Informações.

A auditoria no SUS está circunscrita ao âmbito gerencial das unidades de saúde tais como a regularidade das contas e cumprimento de contratos, uma vez que não é de sua competência interferir nos aspectos que envolvem a execução de ações e serviços de saúde.

O processo de auditoria no SUS concentra-se sobre os Relatórios de Gestão, não sendo objeto de análise, no referido processo, os planos e as programações em saúde.

Os órgãos de auditoria produzem seus próprios bancos de dados e informações, sendo desnecessário o recurso a outros sistemas de informações existentes no SUS.

A auditoria no SUS está voltada para o aprimoramento da gestão desse Sistema, visando a maior eficiência, eficácia e efetividade de suas ações.