O Distrito Sanitário Especial Indígena é definido como um modelo de organização de serviços, orientado para um espaço etno-cultural dinâmico, geográfico, populacional e administrativo sem delimitação de território geográfico.

A definição e organização dos Distritos Sanitários Especiais Indígenas deve ser feita com base em discussões e debates com a participação de lideranças e organizações indígenas, além de antropólogos e organizações não governamentais, não sendo permitida a participação de gestores municipais e estaduais de saúde.

O Distrito Sanitários Especiais Indígenas são responsáveis pela organização de uma rede de serviços de atenção básica de saúde dentro das áreas indígenas, integrada e hierarquizada com complexidade crescente e articulada com um sistema de saúde próprio, alheio à rede do Sistema Único de Saúde.

As equipes de saúde dos distritos deverão ser compostas apenas por médicos, enfermeiros, odontólogos, auxiliares de enfermagem e agentes indígenas de saúde. A participação de antropólogos, educadores e engenheiros sanitaristas não se faz necessária.

Na organização dos serviços de saúde, as comunidades indígenas contam com um Pólo Base que representa a primeira referência para os agentes indígenas de saúde que atuam nas aldeias. Os pólos podem estar localizados numa comunidade indígena ou no município de referência.