O comércio de plantas medicinais é regulamentado por meio da Lei nº 5.991/1980.

As RDCs nº 211 e nº 343, ambas de 2000, instituem o procedimento eletrônico para a notificação de produtos de higiene pessoal, cosméticos e perfumes de grau 1 (baixo risco), onde se enquadram a maioria dos produtos obtidos de plantas para uso tópico.

Medicamentos manipulados não precisam ser registrados na Anvisa, sendo o controle da sua produção feito no estabelecimento produtor. A norma que regulamenta a manipulação de medicamentos é a RDC nº 67, atualizada pela RDC nº 87, a qual define as boas práticas de manipulação de preparações magistrais e oficinais para uso humano em farmácias.

Visando a devolver à população a forma tradicional de uso das plantas medicinais, a Anvisa publicou uma norma para melhor regulamentar a produção e uso de plantas medicinais, a RDC nº 30, de 10 de março de 2010.

O Ministério da Saúde publicou a Portaria GM/MS nº 886, de 20 de abril de 2005, a qual institui a Farmácia Viva no âmbito do Sistema Único de Saúde, sob gestão estadual, municipal ou do Distrito Federal.