A escolha de um vetor de clonagem não interfere no processo de seleção de colônias de bactérias que contenham vetores com fragmentos inseridos.

A utilização de sonda genética auxilia no processo de identificação do gene de interesse, após formarem híbridos com a sequência complementar que se quer detectar e isolar.

Uma sonda é construída de maneira tal que complemente algumas sequências encontradas no DNA do hospedeiro, a fim de evidenciar qual célula foi transformada.

Os hospedeiros, ou células que vão receber o vetor com segmento e DNA exógeno, podem ser selecionados a partir de amostras de microrganismos isolados de ambiente, sem necessidade de serem caracterizados previamente.