Os granulomas não caseosos característicos da Doença de Crohn ocorrem em cerca de 35% dos casos, são mais comuns nas áreas com doença ativa e são restritos à mucosa.

Metaplasia epitelial (metaplasia pseudopilórica) pode ocorrer na Doença de Crohn e persistir mesmo após a resolução do processo inflamatório.

O achado à análise histológica de abscessos e distorção arquitetural das criptas e infiltrado inflamatório difuso e restrito à mucosa é típico da retocolite ulcerativa idiopática, permitindo a distinção com a Doença de Crohn.

A displasia associada às doenças inflamatórias intestinais é mais frequente nos indivíduos com tempo mais longo de doença e se apresenta na forma de lesões polipodes com superfície irregular.