A coloração de Gram é fundamental para a classificação inicial das bactérias, dividindo-as em Gram-positivas e Gram-negativas com base na estrutura da parede celular.

A identificação bacteriana pode ser feita por testes bioquímicos tradicionais, como a catalase e coagulase, além de métodos moleculares, como PCR e MALDITOF.

Para o antibiograma, o método de disco-difusão (Kirby-Bauer) consiste na aplicação de discos contendo antibióticos sobre uma placa com cultura bacteriana, avaliando-se a zona de inibição ao redor dos discos.

A coleta de amostras clínicas para bacteriologia pode ser realizada sem cuidados assépticos, pois a flora normal do local ajuda na identificação dos patógenos.

Meios de cultura enriquecidos, como ágar sangue, são usados para isolar bactérias que apresentam hemólise, característica útil na identificação de espécies do gênero Streptococcus.