A presença de exame micológico positivo para cândida sp. no lavado broncoalveolar de um paciente internado em UTI, entubado há mais de 7 dias e já no segundo curso de antibióticos de largo espectro, define pneumonia por cândida sp. e é critério de tratamento com antifúngico.

Os fungos Histoplasma capsulatum e Coccidioides immitis são fungos patógenos primários.

Aspergillus flavus e Aspergillus fumigatus são as espécies de Aspergilus com maior frequência e relevância clínica.

O criptococco pode ser encontrado em árvores como cássia, fícus e eucaliptos (ocos de árvores ou árvores em decomposição), e em ambientes com fezes ou ninhos de pombos ou outras aves.