O uso de anticorpos associado a sondas fluorescentes auxilia na identificação de uma ou mais proteínas em microscópio de fluorescência e pode ser potencializado quanto à localização tridimensional em microscópio confocal.

Todos os microscópios de fluorescência são equipados com diversas fontes de luz capazes de excitar sondas fluorescentes.

Através de um microscópio ótico, é possível visualizar proteínas e pequenas moléculas, utilizando o contraste de fase.

Tanto o microscópio confocal quanto o microscópio eletrônico possuem resolução para identificação da maior parte de vírus e microvesículas de 30 nm.

A migração e o crescimento celular em cultura podem ser acompanhados através de microscopia, estando as células fixadas ou não.