A biota aquática da caatinga é pobre em espécies de peixes.

Os ecossistemas aquáticos da mata atlântica caracterizam-se pelo baixo grau de endemismo em sua ictiofauna.

Atualmente, uma pequena parcela do cerrado e do pantanal está protegida por unidades de conservação genuinamente aquáticas.

A zona costeira brasileira tem pouco contato com biomas brasileiros ricos em biodiversidade, como a mata atlântica e a amazônia.