Os principais mecanismos de defesa do trato respiratório incluem filtração aerodinâmica na cavidade nasal, espirro, tosse, mecanismos de transporte mucociliar, macrófagos alveolares e anticorpos locais e sistêmicos.

A via mais frequente de infecção pulmonar nos bezerros é a via hematógena e se caracteriza pela infecção dos lobos craniais.

Doenças do trato respiratório superior, tais como laringite e traqueíte, são acompanhadas por vários graus de dispneia inspiratória.

Quando atingem o pulmão, bactérias introduzidas pelas vias respiratórias causam bronquiolite primária que disseminam para o parênquima pulmonar, causando processo fibrinoso agudo, como na pasteurelose, uma lesão necrosante como na infecção por F. necrophorum ou lesões caseosas crônicas nos casos de infecções por Mycobacterium bovis.