Um sistema de arquivos é a estrutura usada pelo computador para organizar dados em um disco rígido. Se você está instalando um novo disco rígido, é necessário particionar e formatar esse disco usando um sistema de arquivos antes de começar a armazenar dados ou programas. No Windows, as três opções de sistemas de arquivos disponíveis são NTFS, FAT32 e o antigo e raramente usado FAT (também conhecido como FAT16).

(http://windows.microsoft.com/pt-br/windows-vista/comparing-ntfs-and-fat-file-systems)