A hipotermia prolonga o tempo de recuperação da anestesia e diminui a potência dos anestésicos voláteis. A concentração alveolar mínima (CAM) do isoflurano, por exemplo, diminui 5% para cada queda de 1° C na temperatura.

A hipotermia é um problema particularmente comum em pequenos roedores, especialmente durante anestesia prolongada, pois esses animais perdem calor rapidamente devido à sua elevada capacidade de regular a temperatura corporal por transpiração.

Sensores de temperatura, quando posicionados inadvertidamente no interior de massas fecais, podem sofrer atraso no tempo de resposta às mudanças de temperatura corporal. Por essa razão, é preferível utilizar uma sonda colocada na parte inferior do esôfago para evitar os efeitos de arrefecimento dos gases respiratórios nas vias aéreas superiores.

Embora seja benéfico fornecer oxigênio a animais anestesiados, os gases frios e secos dos equipamentos de anestesia resfriam o animal; assim, devemos utilizar oxigênio apenas na etapa de recuperação anestésica.

Pode ser considerada como hipotermia a redução da temperatura corporal quando associada à redução do metabolismo celular e à queda da saturação de O2 na hemoglobina (SpO₂).