O crescimento de microrganismos leva a formação de enzimas termoestáveis como proteases e lipases.

A presença de Clostridium spp. em leite é alta, porém não são um risco devido ao armazenamento refrigerado.

Bacillus cereus é um contaminante bastante comum em leite, estando presente em cerca de 80% das amostras de leite cru.

Os microrganismos gênero Pseudômonas são capazes de crescer em temperaturas levemente acima do ponto de congelamento.

As bactérias lácticas representam deterioradores no leite e vão causar um aumento da acidez que pode levar a desestabilização do leite durante o processamento.