A limnologia é o ramo da Ecologia encarregada de estudar os ecossistemas aquáticos continentais, as lagunas, as represas, os lagos e os rios. As coletas devem ser feitas com pessoal treinado especializado. A integridade da amostra é muito importante. A amostragem assim como seu manuseio devem ser cuidadosamente controlados para não ser introduzida qualquer alteração na amostra. A perda por absorção de membranas filtrantes e a contaminação internamente dos recipientes devem ser avaliadas. Várias coletas resultantes de um processo horizontal ou vertical num mesmo corpo d’água são feitas, especialmente, por meio da amostra