Na maioria dos laboratórios, os esfregaços são corados em hematoxilina-eosina (HE), como os exames histopatológicos rotineiros.

O método coloração de Papanicolaou inclui Hematoxilina de Harris, Orange G e Eosina-azur (EA).

O material colhido para exame citológico deve, obrigatoriamente, ser centrifugado antes da coloração.

O material colhido deve ser conservado em gelo.

Apesar da recomendação de fixação dos esfregaços em álcool ou com “spray”, estes devem ser evitados, pois reagem com os corantes e prejudicam a análise microscópica.