O Fundo Amazônia apoia projetos em diferentes áreas: gestão das florestas públicas e áreas protegidas; controle, monitoramento e fiscalização ambiental; manejo florestal sustentável; atividades econômicas desenvolvidas a partir do uso sustentável da vegetação; zoneamento ecológico e econômico; conservação e uso sustentável da biodiversidade; recuperação de áreas desmatadas.

O BNDES realiza a gestão do Fundo, incumbindo-se da captação de recursos, da contratação e do monitoramento dos projetos e ações apoiados.

Até 50% dos recursos do Fundo Amazônia podem ser usados para apoio ao desenvolvimento de sistemas de monitoramento e controle do desmatamento de outros biomas.

Desde 2019, o Fundo Amazônia está parado em razão de denúncias de irregularidades nos contratos. O governo Bolsonaro extinguiu dois conselhos que auxiliavam na gestão do Fundo, o Comitê Orientador do Fundo Amazônia (COFA) e Comitê Técnico.

Relatórios anuais de atividades, que além de serem instrumentos de prestação de contas, registram e divulgam para a sociedade as ações e os resultados do Fundo Amazônia.