O Ensino Religioso deixa de ser pensado a partir das tradições religiosas hegemônicas, passando a estruturar-se a partir da escola, concebido como lugar privilegiado para o exercício e construção das bases da cidadania e a desenvolver-se na perspectiva da construção do conhecimento religioso, ultrapassado assim o modelo de repasse de conteúdos.

O documento Ensino Religioso: Referencial Curricular do Ensino Religioso para a Proposta Pedagógica da Escola apresenta a concepção de Ensino Religioso enquanto disciplina da área de conhecimento de Educação Religiosa, contribuindo para a definição do objeto de estudo (o fenômeno religioso), do conteúdo (conhecimento religioso), do tratamento didático (didática do fenômeno religioso), objetivos, metodologia e sistema de avaliação próprios, já definidos e contemplados nos PCNER.

Desde o seu primeiro Estatuto, o FONAPER defende uma concepção de ensino religiosos o acesso às formas institucionalizadas de religião.