Na diagnose de fitonematoides, em geral, pode ser empregada a eletroforese em gel de poliacrilamida a qual possibilita detectar, quantificar e identificar as bandas de esterase ou de malatodesidrogenase e com isso diagnosticar as espécies fitoparasitas presentes.

A PCR e o ELISA indireto têm a mesma elevada segurança numa situação de diagnose viral, uma vez que nesse segundo teste utilizam-se de antissoros policlonais e de conjugados (anti-IgG-enzima) que só reconhecem a porção invariável do IgG obtido em coelho.

A PCR pode ser adotada sem dificuldades na diagnose de vírus de DNA. Para vírus de RNA, porém, a limitação está na obrigatoriedade da transcrição reversa, que além de dispendiosa para uso em larga escala, não é segura para a identificação de vírus com esse tipo de genoma.

O emprego de vetores na diagnose de vírus baseia-se na especificidade e na modalidade da transmissão do vírus pelo vetor, sendo possível, em caso de infecção mista, separar dois vírus diferentes utilizando o mesmo vetor como também separar duas estirpes de um mesmo vírus usando vetores diferentes.

Podem ser empregadas em diagnose de fitoplasmas, bactérias e fungos, as seguintes técnicas: teste em plantas indicadoras, isolamento com plantas iscas, teste de enxertia, isolamento em meio de cultura, microscopia ótica, microscopia eletrônica de transmissão; dot blot, southern blot, PCR com primers específicos, multiplex PCR, PCR-RFLP, sequenciamento de nucleotídeos.