O Fundo Nacional de Saúde (FNS) administra as fontes dos orçamentos da União, da Seguridade Nacional, dentre outras fontes.

O estabelecimento de recursos que serão transferidos a Estados, Distritos Federais e Municípios é fixado independente da análise técnica dos projetos e programas.

Através de um sistema de auditoria, o Ministério da Saúde, de acordo com a programação aprovada da utilização, acompanha os recursos nas esferas estaduais e municipais.

Os recursos financeiros do Sistema Único de Saúde (SUS) serão depositados em conta especial, em cada esfera de sua atuação, e movimentados sob fiscalização dos respectivos Conselhos de Saúde.