A qualidade da água em relação aos fatores biológicos é avaliada usando organismos indicadores. A probabilidade de existência das doenças na água passadas a ela por fezes de indivíduos doentes, se faz por contagem de microorganismos não patogênicos, produzidos em grande número no intestino, sendo uma referência, ao invés de uma contagem verdadeira de patógenos, mais difíceis de identificar. Assim sendo, a água utilizada para consumo humano, em toda e qualquer situação, incluindo fontes individuais como poços, minas, nascentes, dentre outros, tem valor máximo permitido de Escherichia coli ou coliformes termotolerantes: