Em sua fase sólida, as ETEs tratam os lodos primários e secundários para a destinação. As ETEs na RMSP − Região Metropolitana de São Paulo fazem o adensamento por gravidade dos lodos primário e secundário. A flotação precede a digestão tanto para os lodos primários quanto para os secundários. A digestão, o condicionamento químico, a desidratação por filtro prensa são as etapas mais comuns.

Na fase líquida, ocorre a geração de efluentes com concentrações de nitrogênio, por exemplo. Dosagens de diferentes formas químicas de nitrogênio devem integrar o monitoramento de impacto do lançamento de efluentes de ETEs em rios, pois a relação entre estas formas auxilia na identificação de diferentes zonas de autodepuração natural nesses ecossistemas.

Ao longo do processo ocorre geração de resíduos em várias etapas, começando pelo acúmulo de lodo no decantador primário, com a sedimentação de sólidos em suspensão não grosseiros. Já no decantador secundário ocorre a sedimentação da biomassa, mantida em suspensão nos tanques de aeração. Os lodos primários e secundários seguem para tratamento.

Material gradeado, areia, material peneirado e escuma podem ser os outros tipos de resíduos sólidos gerados ao longo do processo de tratamento de esgotos por lodo ativado. Geralmente os tratamentos dos lodos geram tortas prensadas, que, juntamente com os demais tipos de resíduos, serão transportados para aterros sanitários, entre outras possibilidades.

Metais pesados e poluentes orgânicos, além de agentes patogênicos, estão presentes entre os lodos gerados nestes tipos de estações. Caso pretenda-se a destinação de lodo de estação de tratamento de esgoto sanitário e seus produtos derivados para uso agrícola, há o requisito legal da Resolução CONAMA 375 e sua retificadora, no 380, ambas de 2006.