as secções delgadas de fragmentos de tecido e órgãos são obtidas com cortes pelo micrótomo, que podem ser feitas diretamente sobre o tecido, sem tratamento ou preparação prévia.

dentre os processos de preparação de tecidos e órgãos para a microscopia de luz encontra-se a fixação com soluções químicas ou por congelamento rápido, procedimentos que removem as impurezas dos tecidos para a coloração.

a coloração é uma etapa que utiliza a seletividade de substâncias químicas para interagir com partes específicas de tecidos e células. Quando se usa corante fluorescente é necessária a aplicação de um contracorante para evidenciar as células.

os fragmentos a serem estudados necessitam de substâncias infiltrantes para ajudar na secção com o micrótomo. Dentre elas encontram-se o formaldeído 4% e etanol 70%.

a parafina é uma das substâncias mais utilizadas nos cortes histológicos para microscopia de luz. Ela é aplicada sempre após a coloração para garantir que os cortes preservem suas características originais.