Cabe ao Poder Legislativo instalar a Agência, devendo o seu regulamento, aprovado por lei, fixar-lhe a estrutura organizacional.

Aos dirigentes da Agência é vedado o exercício de qualquer outra atividade profissional, empresarial, sindical ou de direção político-partidária.

A natureza de autarquia conferida à Agência é caracterizada pela autonomia financeira, independência administrativa e ausência de estabilidade dos seus dirigentes.

Não se consideram bens e produtos submetidos ao controle e fiscalização sanitária pela Agência, cosméticos, produtos de higiene pessoal e perfumes.

A Agência contará com um Conselho Consultivo, que deverá contemplar, exclusivamente, representantes da União, dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios.