Do ponto de vista metodológico, a Agroecologia apropria-se de uma estratégia importante que é a Pesquisa Participativa. Diferentes autores (Geilfus, 1997; Kummer, 2007; Verdejo, 2010) sugerem o uso de dinâmicas de grupo, mapeamento participativo, fluxogramas, matrizes, entre outras ferramentas do Diagnóstico Rural Participativo (DRP) que permite que as comunidades façam o seu próprio diagnóstico e a partir daí comecem a autogerenciar o seu planejamento e desenvolvimento para que iniciem um processo de autorreflexão sobre os seus próprios problemas e as possibilidades para solucioná-los. Nesse intuito, são características comuns do DRP:

I. É um processo de pesquisa e coleta de dados, que impulsiona uma mudança nos papéis tradicionais do pesquisador e dos pesquisados, já que ambos participam da determinação de quais e como coletar os dados; é um processo de dupla via.

II. Reconhece o valor dos conhecimentos dos/as comunitários/as e funciona como meio de comunicação entre aqueles que estão unidos por problemas comuns. Esta comunicação coletiva chega a ser uma ferramenta útil para identificar soluções.

III. Busca construir conhecimento com base popular, de forma a orientar e consolidar os processos de transição agroecológica, almejando mudanças positivas nas comunidades envolvidas.

IV. Tem o potencial de promover e incentivar novas técnicas que aumentam a produção, ao passo que orientam o produtor rural com pesquisas inovadoras para um desenvolvimento rural com compromisso social e ambiental.

V. Permite a flexibilidade necessária para o reconhecimento dos interesses dos agricultores perante a introdução dos SAFs enquanto sistemas produtivos e seu potencial catalisador no processo de transição agroecológica já em curso compreendendo as diversas realidades existentes entre o grupo.

VI. A partir da construção coletiva dos indicadores de sustentabilidade propiciar parâmetros técnicos de constante acompanhamento das cadeias produtivas para atender as demandas de mercado e desenvolver a sustentabilidade.