A diferença fundamental repousa na diversidade de teorias e metodologias que informam a Arqueologia pré-histórica e a Arqueologia histórica.

Na verdade, não há diferenças cruciais, pois ambas estudam artefatos e preocupam-se com o contexto dos achados.

A Arqueologia histórica trabalha com fontes escritas, enquanto que, em Arqueologia pré- histórica, os documentos escritos possuem relevância mínima.

A principal diferença reside na natureza dos sítios arqueológicos estudados. Os sítios pré-históricos, ao contrário dos sítios históricos, nada têm a ver com os assentamentos capitalistas e modernos.