Nos agroecossistemas ocorre a entrada de nutrientes pela adição de fertilizantes orgânicos ou industriais, e maiores saídas devido à intensificação dos processos de perda (erosão, lixiviação, volatilização, fixação aos minerais do solo) e pela exportação de nutrientes, por meio dos produtos colhidos

Fluxo de energia menos aberto, enquanto nos agroecossistemas a principal fonte é a energia direta do sol, os ecossistemas naturais possuem fontes auxiliares de energia, como a força humana, a tração animal e os combustíveis fósseis cuja energia é aplicada diretamente ao ecossistema ou indiretamente, por meio da produção de insumos industriais. Além disso, as perdas de energia são menores, tanto de energia potencial biológica armazenada nos tecidos colhidos ou na matéria orgânica, como pelos ganhos diretos de calor, por meio da aceleração dos processos biológicos e na decomposição acelerada das reservas de matéria orgânica

No agroecossitema há menor diversidade. A grande diversidade encontrada nos ecossistemas é suprimida, dando lugar a poucas espécies cultivadas; a poucas plantas consideradas “invasoras”, e aos organismos associados a essas espécies

Na pressão de seleção artificial, os organismos remanescentes no agroecossistema deixam de estar submetidos à seleção natural para serem submetidos a pressões artificiais de seleção, tanto a seleção conscientemente dirigida sobre os organismos cultivados, como pela pressão de seleção inconsciente aplicada sobre os organismos espontâneos dos agroecossistemas causada pelas práticas culturais e pela aplicação de produtos para controle das populações indesejadas. Muitas vezes, essa pressão de seleção inconsciente pode ser muito mais intensa que a aplicada aos organismos cultivados